Die nächsten Jahre (1998-2000) waren vom finanziellen und sportlichen Neuaufbau geprägt. Dazu kam ein Umzug aus der Radrennbahn Schöneberg in das Friedrich-Ludwig-Jahnstadion, welches immer noch das aktuelle Heimstadion der Adler ist. 2000 gründeten die Adler einen unabhängigen Verein unter dem Namen AFC Berlin Adler e.V..

2001 belegten die Adler unter Head Coach Dogan Özdincer den ersten Platz in der zweiten Liga und bekamen ihre Chance auf einen Wiederaufstieg in die erste Bundesliga. Obwohl beide Spiele gegen die Kiel Baltic Hurricanes verloren wurden, stiegen die Adler wieder in die erste Bundesliga auf, um die Lücke, die durch den Rückzug der Düsseldorf Panther entstanden war, wieder aufzufüllen.