Die Berlin Adler wurden, damals noch unter dem Namen Berliner Bären, am 12. Februar 1979 als zweiter American Football Verein in Berlin gegründet. Kurz nach der Gründung traten alle Spieler der Berlin Bats den Berliner Bären bei. Dadurch und durch Berichte in der Presse wuchs das Team schnell auf über 80 Spieler an. Das Training fand damals noch auf dem Gelände des amerikanischen Militärs statt und wurde von amerikanischen Soldaten geleitet, die in Berlin stationiert waren. In der ersten Saison belegte das Team den dritten Platz in einer Liga, die aus 6 Teams bestand.
Im darauffolgenden Jahr hagelte es Niederlagen, so daß man sich 1981 dazu entschloß, dem Großverein BSC Wilmersdorf beizutreten, um die Vereinsstruktur zu verbessern. Der Anschluß an den BSC Wilmersdorf führte zum Namenswechsel von Berliner Bären zu Berlin Adler und zum Wechsel der Vereinsfarben von rot/weiß zu schwarz/gelb.
Trotzdem blieben die Erfolge zunächst aus.
1983 erreichten die Adler das erste Mal die Playoffs, und in den folgenden Jahren kam der Umbruch. Die Adler wurden zum ständigen Teilnehmer der Playoffs, ein Jugendteam wurde gegründet, und der Hauptverein wurde vom BSC Wilmersdorf zum BSC Rehberge gewechselt, was den Adlern ihr erstes dauerhaftes Heimstadion brachte.
1986 zogen die Adler in ein neues Stadion um, das legendäre Radrennstadion Schöneberg. In diesem Stadion erlebten die Adler ihre erfolgreichste Zeit.
1987 erreichten die Adler nach einer Perfect Season das erste Mal den German Bowl. Vor 14.800 Zuschauern im komplett überfüllten Mommsenstadion schlugen die Adler die Badener Greifs mit 37:12 und gewannen Ihre erste Meisterschaft.
Die erste Teilnahme am Eurobowl im Jahre 1988 endete im Halbfinale. Nach einer sicheren 28:11 Führung verloren die Adler dennoch wegen einiger schwerwiegender Fehlentscheidungen von Head Coach Billy Brooks gegen die Amsterdam Crusaders mit 28:29.
Auch in der Bundesliga scheiterten die Adler im Halbfinale an den Red Barons Cologne mit 7:25.
1989 kam der Erfolg zurück, was sich in einer zweiten Perfect Season widerspiegelte. Die Adler machten in nur 10 regulären Saisonspielen 747 Punkte und besiegten später die Red Barons Cologne im German Bowl mit 30:23.
Der Erfolg hielt 1990 mit einer weiteren Perfect Season und dem Gewinn des dritten German Bowls, diesmal gegen die Cologne Crocodiles (50:38), an. Durch den herausragenden Crocodiles-QB Michael Davis war der German Bowl bis fast zum Ende hin spannend. Der zweite Auftritt der Adler im Eurobowl endete im Finale. In einem hart umkämpften Spiel verloren die Adler mit 33:35 gegen die Manchester Spartans, nachdem Kicker Thomas Schwammbach ein Field Goal kurz vor Ende des Spiels nicht verwandeln konnte.
1991 endete die beispiellose Siegesserie der Adler nach 966 Tagen ohne Niederlage in Deutschland, und die Adler verloren gegen die Cologne Crocodiles. Später im Jahr konnte man sich dafür allerdings im German Bowl revanchieren. Die Adler schlugen die Cologne Crocodiles mit 22:21, nachdem Kicker Andreas Schröder kurz vor Ende des Spiels ein 41 Yard Field Goal verwandelte. Somit konnten sich die Adler ihre dritte Meisterschaft in Folge und ihre vierte Meisterschaft insgesamt sichern. Im Eurobowl qualifizierten sich die Adler für das Finale, verloren aber knapp gegen die Amsterdam Crusaders mit 20:21.
1992 und 1993 spielten die Adler weiter auf einem hohen Level, waren aber nicht in der Lage, an die Erfolge der vorangegangenen Jahre anzuknüpfen. 1992 verloren die Adler im Halbfinale gegen die Düsseldorf Panther in Overtime mit 28:31, und der Eurobowl-Auftritt endete früh mit einer Niederlage im Viertelfinale gegen die Torino Giaguari mit 13:35.
1993 erreichten die Adler in der Bundesliga wieder das Halbfinale, verloren aber gegen die Munich Cowboys mit 17:19.
Das letzte Highlight für eine lange Zeit kam 1994 mit dem Erreichen des German Bowls. An diesem Tag waren die Düsseldorf Panther aber zu stark und die Adler verloren mit 17:27.
1995 begannen die mageren Jahre, als die Adler im Halbfinale gegen die Hamburg Blue Devils mit 9:14 verloren. Die finanzielle Situation der folgenden Jahre war schlecht, und auch der sportliche Erfolg blieb aus.
1996 konnten sich die Adler noch aus eigener Kraft gegen den Abstieg in die zweite Liga mit zwei Siegen in den Relegationsspielen gegen die Berlin Rebels retten. 1997 landeten die Adler wieder in der Relegation. Das erste Spiel konnten die Adler gegen die Paderborn Dolphins zwar mit 28:21 gewinnen, das zweite Spiel ging aber 21:40 verloren. Damit mußten die Adler in die zweite Liga absteigen.
Die nächsten Jahre (1998-2000) waren vom finanziellen und sportlichen Neuaufbau geprägt. Dazu kam ein Umzug aus der Radrennbahn Schöneberg in das Friedrich-Ludwig-Jahnstadion, welches immer noch das aktuelle Heimstadion der Adler ist. 2000 gründeten die Adler einen unabhängigen Verein unter dem Namen AFC Berlin Adler e.V..
2001 belegten die Adler unter Head Coach Dogan Özdincer den ersten Platz in der zweiten Liga und bekamen ihre Chance auf einen Wiederaufstieg in die erste Bundesliga. Obwohl beide Spiele gegen die Kiel Baltic Hurricanes verloren wurden, stiegen die Adler wieder in die erste Bundesliga auf, um die Lücke, die durch den Rückzug der Düsseldorf Panther entstanden war, wieder aufzufüllen.
Zurück in der GFL erreichten die Adler unter Head Coach Dean Cokinos 2002 das Halbfinale, scheiterten aber an den Hamburg Blue Devils mit 13:41.
2003 wurde Kent Anderson Head Coach der Berlin Adler, und wieder wurde das Halbfinale erreicht. In einem punktearmen aber hart umkämpften Spiel sicherten sich die Braunschweig Lions mit 7 Punkten Vorsprung einen Sieg gegen die Berlin Adler (3:10).
2004 kam das Jahr der Adler. Man konnte nicht nur das 25-jährige Jubiläum feiern, man erreichte auch der German Bowl. Wie im Jahr davor im Halbfinale traf man auf die Braunschweig Lions, und wieder wurde es ein punktarmes Spiel. Beide Teams arbeiteten hart auf dem Spielfeld, aber ein Fumble von Braunschweig Lions RB Kim Kuci und ein Field Goal von Berlin Adler Kicker Benjamin Scharweit kurz vor Ende des Spiels brachten den Adlern den Sieg. Die Adler gewannen den German Bowl XXVI mit 10:7.
2005 kam mit Pat Donohoe ein neuer Head Coach nach Berlin, nachdem Kent Anderson zu den Braunschweig Lions gewechselt war. Unter seiner Führung erreichten die Adler das Viertelfinale, verloren aber gegen die Marburg Mercenaries mit 21:40.
2006 konnte mit einer komplett deutschen Coaching-Crew unter Leitung von Head Coach Dogan Özdincer nur mit Mühe die Relegationsrunde vermieden werden. Der direkte Vergleich gegen die Düsseldorf Panther entschied letztlich über den Verbleib im Oberhaus.
2007 gelang es durch eine perfekt gespielte Hinrunde bis in die Playoffs vorzudringen. Im Viertelfinale wurde mit wenig Mühe gegen die Unicorns aus Schwäbisch Hall gewonnen, im Halbfinale dann ein hochdramatisches Spiel in Stuttgart Sekunden vor Spielende verloren.
2008 gewannen die Adler ihren ersten internationalen Titel. In der GFL wurden wieder die Playoffs erreicht. Endstation waren diesmal die Kiel Baltic Hurricanes, die das Halbfinale vor heimischer Kulisse gewinnen konnten.
2009 feierten die Berlin Adler 30jähriges Jubiläum. Der Verein trennte sich von Dogan Özdincer und verpflichtete den international erfahrenen Shuan Fatah als neuen Headcoach. Nach dem denkbar knappen, frühzeitigen Ausscheiden der Adler im Euro-Bowl konnte sich die Mannschaft voll auf den nationalen Spielbetrieb konzentrieren. Sie verloren in der gesamten Saison ein einziges Spiel und wurden erstmals "Nordmeister". Im German Bowl XXXI gewannen die Adler verdient mit 28:21 gegen den letztjährigen Halbfinalgegner aus Kiel und holten den insgesamt 6.Titel in ihrer Vereinsgeschichte.
2010 errangen die Berlin Adler den größten Erfolg ihrer Vereinsgeschichte: Nach für alle Aktiven kräftezehrenden und für die Fans nervenaufreibenden Auswärtsspielen stand am Ende der Gewinn des Eurobowls.
In der nationalen Meisterschaft lief es dagegen nicht ganz so gut. Viele Verletzungsausfälle sorgten dafür, dass der Titel nicht verteidigt werden konnte. Im German Bowl XXXII musste man sich in der Neuauflage des Endspiels von 2009 diesmal den Kiel Baltic Hurricanes geschlagen geben.
2011 folgte nach den vielen Erfolgen der Vergangenheit ein Jahr der Konsolidierung. Viele Spieler und Trainer beendeten ihre Laufbahn bzw. verließen den Verein. National und international konnten trotzdem beachtliche Erfolge erzielt werden, für einen Titel reichte es jedoch nicht.